Phim Linh Hồn Bạc lấy bối cảnh thời kỳ suy vong của chế độ samurai ở Nhât Bản, đồng thời cũng là lúc người ngoài hành tinh Amanto hoàn thành cuộc đổ bộ xuống trái đất. Gintoki (Oguri Shun) từng là một võ sĩ đạo với biệt danh "Quỷ Dạ Xoa nơi chiến trường”, nay đã lui về ở ẩn dưới thân phận một thanh niên lười biếng, nhiều thói hư tật xấu. Anh ta mở cửa tiệm Vạn Năng, thu nhận hai "quả tạ" Shinpachi (Masaki Suda) và Kagura (Kanna Hashimoto), bắt đầu chuỗi ngày ai bảo gì thì làm nấy để kiếm tiền sinh nhai. Thế nhưng bóng ma từ quá khứ và những rối ren chính trị bất ổn vẫn tiếp diễn, khiến anh không thể buông bỏ thanh kiếm Touya và biệt danh sát thủ tóc trắng của mình.