Makoto Naegi, một cậu bé bình thường, là người may mắn duy nhất đáng ghen tị được vào "lớp siêu tài năng cấp ba" - lớp học dành cho những thiên tài tại trường "Kibogamine Gakuen" do được bốc thăm trúng. "Khi tốt nghiệp ở nơi đây nhất định sẽ thành công trong cuộc sống" - đó là lời cam kết của ngôi trường này. Tuy nhiên, vào ngày đầu tiên nhập học, Naegi đã bị tấn công và giam cầm bởi các sinh viên mới nhập học khác và trong trường học xuất hiện một nhân vật bí ẩn Monokuma, thông báo quy tắc đáng sợ của trường: "Nếu muốn ra ngoài, phải giết chết những người khác."
